党的十一届三中全会前后，邓小平对民航改革开放接连作出重要指示，民航进行了以军转民和企业化为主要内容的第一轮体制改革。1986年4月2日，武汉航空公司成立，是湖北省内第一家本土航空企业。

1987年起，民航开始以政企分开、简政放权、机场与航空公司分设为主要内容的第二轮重大管理体制改革，并允许地方企业开办航空公司。2002年3月3日，国务院印发《关于民航体制改革方案的通知》，民航开始实施以政企分开、政资分离、机场属地化管理、改革民航行政和公安管理体制为主要内容的新一轮改革。

1989年12月，襄阳（原襄樊）刘集机场（IATA：XFN，ICAO：ZHXF）建成通航，飞行区等级4D。按照年旅客吞吐量220万人次设计，航站楼面积2.4万平方米，跑道2400米，机坪总面积8.1万平方米，是全国第一家由地方政府筹集资金修建的民用机场。

1992年4月，民航湖北省管理局安全检查站和民航湖北省管理局公安处消防大队成立。

1992年8月，中国南方航空公司湖北分公司成立，由中国民航第二十六飞行大队与民航湖北省管理局飞机维修厂组建。

1993年6月，中国航空油料湖北分公司成立，原民航湖北省管理局油料系统正式与民航湖北省管理局脱离行政管理。

1993年11月，恩施许家坪机场（IATA：ENH，ICAO：ZHES）建成通航，飞行区等级4C。按照高峰小时客流量120人次设计，航站楼面积2922平方米，跑道2010米，机坪总面积7000平方米，是武陵山区域的重要支线机场。

1995年4月15日，武汉天河机场（IATA：WUH，ICAO：ZHHH）建成通航，飞行区等级4E。T1航站楼按照年旅客吞吐量420万人次设计，面积2.84万平方米。作为国家一级民用机场兼国际备降机场，规模达到国内一流水平。2000年11月，获批“武汉天河国际机场”。

1997年11月28日，武汉天河机场独立运营，民航湖北省管理局（含空管）实行局场分离。

1998年5月18日，武汉天河机场有限责任公司正式成立。中国民航局控股51%，武汉市人民政府持股49%。

2002年8月18日，中国东方航空武汉有限责任公司成立，由中国东方航空股份有限公司与武汉市共同出资组建。

2004年2月28日，湖北省内机场完成属地化改革。中国民航局向湖北省人民政府整体移交武汉天河机场51%的股份、恩施许家坪机场及宜昌、襄樊（现为襄阳）航管站。2004年3月5日，湖北机场集团公司成立，湖北省政府国资委与首都机场集团完成资产重组。